1974 in Lausanne geboren, studiert Alexandre Clerc mit Hervé Klopfenstein im Konservatorium Lausanne (1995-1999), mit Gustav Meier am Peabody Conservatory (2000-2002), mit David Zinman an der Aspen Music Academy (2002) und mit Gianluigi Gelmetti an der Accademia Musicale Chigiana von Siena (2004). Daneben besucht er Meisterkurse bei Yuri Temirkanov, James Conlon und Jorma Panula.
2002 ist Alexandre Clerc Chefassistent an der Baltimore Opera (MD, USA). 2004 übernimmt er die Leitung des Konservatoriumorchesters Freiburg und 2005 die Leitung des Kammerorchesters 65. 2006 gründet er das Kammerorchester Helvetica mit dem er Schweizer Musik und junge Schweizer Solisten fördert. Von 2007 bis 2010 ist er musikalischer Leiter des Orchesterkurses für Jugendliche, organisisert von den „Jeunesses musicales de Suisse“ (Charmey). Seit 2011 ist er Leiter der Sinfonietta MKZ (Musikschule Konservatorium Zürich).
Er leitet daneben unter anderem die folgenden Orchester: National Orchestra of the Ukraine, Orchestra di Sofia, Aspen Festival Orchestra (CO, USA), Orquesta Filarmónica de la UNAM (Mexico), Orquestra Sinfónica de Aragua (Venezuela), Orchestre Symphonique Universitaire de Lausanne, Orchestre de Chambre de Lausanne.
Alexandre Clerc ist Preisträger der Leenaards Stiftung sowie der Stiftung Dienemann. Er wurde ausserdem von der Stiftung Arditi mit dem „Prix des Lettres“ der Universität Genf für seine Recherchen im Rahmen der Musikwissenschaft ausgezeichnet.